I et samarbejde mellem Novo Nordisk A/S og Københavns Universitet skal Rikke Linnemann Nielsen i et nyt postdoc-projekt bruge kunstig intelligens som analysemetode til at øge vores forståelse af kardiometaboliske sygdomme og opdage nye targets for behandling.

Kardiometaboliske sygdomme, såsom type 2 diabetes, har en genetisk og dermed arvelig komponent. Ved at opnå mere viden om genetikken vil man bedre kunne forstå sygdommen, forudsige en persons risiko for at udvikle en kardiometabolisk sygdom og i sidste ende bruge den viden til at udvikle bedre behandlingsmuligheder.

En sådan viden har Rikke Linnemann Nielsen til mål at opnå i hendes postdoc-projekt, hvor hun skal anvende kunstig intelligens til at analysere store datasæt. Kunstig intelligens er særligt egnet til større og komplekse datasæt, da metoden ikke har de samme begrænsninger som mere traditionelle analysemetoder.

”Nuværende metoder i genomforskning tester associationer af enkelte genetiske varianter i store kohorter. Disse metoder er begrænsede, da de ikke tager hensyn til de komplekse interaktioner i biologiske systemer på tværs af celler, væv og organer eller miljøfaktorer såsom livsstil eller medicinsk behandling”, siger Rikke Linnemann Nielsen, som i 2020 blev ph.d. i bioinformatik ved Danmarks Tekniske Universitet.

I dag er større og større datasæt tilgængelige, som kræver avancerede analysemetoder.

”Data, der kan forklare kardiometaboliske sygdomme, kan nu genereres i store mængder fra multiomics data, billeder samt genetiske og kliniske data. Disse typer data kan give ny sygdomsindsigt, men kræver integrerede metoder og brug af maskinlæringsteknikker for at opdage biomarkører i den underliggende sygdomsbiologi”, fortæller Rikke Linnemann Nielsen.

Tre datasæt og tre delprojekter skal give ny viden om sygdomsudvikling og behandlingsrespons
”Maskinlæringsmetoderne (AI) vil blive brugt på tre forskellige datasæt, der indeholder information om genetik, multiomics, billeder og kliniske karakteristika fra at have fulgt patienter eller humane cellulære modeller over tid. Alle tre delprojekter vil give ny viden om sygdomsudvikling og behandlingsrespons på tværs af forskellige kardiometaboliske sygdomme ved hjælp at avancerede datadrevne metoder”, siger Rikke Linnemann Nielsen. 

Hun er den rette person til projektet med sin ph.d. grad i bioinformatik og erfaring med at bruge maskinlæring til at analysere lignende datasæt.

Rikke Linnemann Nielsen skal udføre projektet i samarbejde med Ramneek Gupta, Director Computational Biology, ved Novo Nordisk Research Centre Oxford, England, Jonas Kildegaard, Director of Translational Science, Novo Nordisk A/S, og professor Torben Hansen ved Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research, Københavns Universitet.

Derudover skal hun på et forskningsbesøg hos eksperten i translationel bioinformatik Marylyn Ritchie, som er professor ved Department of Genetics og leder af Center for Translational Bioinformatics ved University of Pennsylvania School of Medicine, USA.

“Samarbejdet på tværs af sektorer vil give mig indsigt i både akademisk og industriel forskning og inspiration til min karriere efter min postdoc”, afslutter Rikke Linnemann Nielsen, som glæder sig til at starte på det ambitiøse projekt. 

Kontakt
Rikke Linnemann Nielsen
E-mail: RZQN@novonordisk.com
Tlf: +45 30797011

Danish Diabetes Academy
Managing Director Tore Christiansen
E-mail: tore.christiansen@rsyd.dk
Tel: +45 29 64 67 64

/Af Project Manager Nina Jensen, Danish Diabetes Academy